In de homeopathie wordt aangenomen, maar dit is nog niet wetenschappelijk bewezen, dat de moleculen van de werkzame stof(fen) hun genezende werking tijdens de bereiding, waaronder krachtig schudden van de verdunning, overdragen op de vloeistof (= potentiëren).

Door de zeer grote mate van verdunning (= potentie) kan in homeopathische middelen de aanwezigheid van de werkzaam geachte homeopathische stof meestal niet meer wetenschappelijk worden aangetoond.
Hierdoor kan men zich afvragen of er dan nog wel een werking mogelijk is. Ook is het meestal niet mogelijk de wijze van werking van een homeopathisch middel wetenschappelijk aan te tonen en direct in verband te brengen met de mate van verdunning.

Ook is bekend dat er tussen verschillende patiënten grote verschillen kunnen bestaan (= inter-individuele variatie) wat betreft de objectief meetbare resultaten van de behandeling. Dergelijke grote verschillen kunnen echter ook worden waargenomen bij één en dezelfde patiënt (= intra-inviduele variatie).

De vermoedelijke oorzaak van deze grote verschillen is dat het resultaat van een homeopathische behandeling niet alleen wordt bepaald door de werking van het middel als zodanig (= geneesmiddel-kenmerken), maar ook door de aard van de aandoening of klachten (= ziekte-beeld), de psychische toestand van de patiënt (= patiënt-type) als wel de omstandigheden die invloed kunnen hebben op de ziekte-verschijnselen (= modaliteiten).
Als gevolg van deze complexiteit van de homeopathische werking is het resultaat van een homeopathische behandeling, ondanks de lange en uitgebreide ervaring daar mee, vaak moeilijk te voorspellen.

zie ook: homeopathie, algemeen